カルシウムイメージング解析 CaImAn を windows10にインストール

Anaconda インストール いろいろはまったので誰かの約二たつかもと思いメモ

1. anaconda インストール
   パス変更許可は非推奨となっているが選択する 
   
   
2. mamba インストール
   conda install -n base -c conda-forge mamba
   
   ハマり①mambaインストールが１日たっても終わらない→Anaconda　アンインストールして再インストールしたら普通にインストールできた
   
   
3. caiman インストール
   mamba create -n caiman -c conda-forge caiman
   conda activate caiman
   python caimanmanager.py install
   ハマり②caimanmanager.py がどこにあるかわからない
   → c:\Users\(username)\anaconda3\pkgs\caiman-****\bin にある。ルートディレクトリにコピーしとくとよい
   ハマり③インストールは無事終わったが、次どうするの？jupyter notebook 起動、ルートディレクトリから caiman_data\demos\notebooks　に移り、demo_pipeline.ipynb　を動かしてみる
   
   
4. demo_pipeline.ipynb　を動かしてみる
   ハマり④demo_pipeline.ipynb　動かす→ import cv2 でエラーがでる。opencvは間違い無くインストールされているのだが
   →windowsのメニューから anaconda3-jupyter notebook でjupyter 開くとこのエラーが出る模様。
   anaconda prompt を開いて、
     conda activate caiman
     jupyter notebook --NotebookApp.iopub_data_rate_limit=1.0e10
   と開くとエラーが出ない。
   
   
   ハマり⑤SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED　が出て途中で止まる import ssl ssl._create_default_https_context = ssl._create_unverified_context をいれて対症療法的に解決。これは python一般の問題らしい
   
   ハマり⑥試しに動画読ませてみたが重すぎて終わらない→オリジナル動画の必要部分だけ切り出す、ビニングなど。imageJが便利。

stick PC + Logicool K400 plus , setpoint 起動しない

stick PC自体廃れてしまった感じだが一応メモ。 intel compute stick core m3, logicool K400 動くが、細かい設定のため setpoint インストールするも、メニューから起動しても応答せず。 →旧バージョン　6.69.123 (64bit)　インストール→起動する。が、setpoint の設定画面がでて、そこから先にすすまない。
→PC再起動しsetpoint再実行→アップデートしろ　とでるのでアップデート。setpoint 6.7 になるが、先に進まない状況変わらず →PC再起動、setpoint再実行　ここにきて、起動時に「サポートされていないデバイスがあるので logicool options をインストールせよ」と出る。 →ダウンロード、インストール。設定可能に。 というか最初からoptions を入れればよい。が、logicool ホームページ　ダウンロードのところで k400 といれても options がでてこない。なんで？

Outlook カレンダー Googleカレンダーと同期させ、Googleカレンダー側で予定があったら「予定あり」にする

 単に Outlook と Google カレンダー同期　は簡単にできるが、タイトルのように、同期したGoogleカレンダー側で予定がはいっていたら、Outlook側の会議招集時に、予定があるから参加できない　とわかるようにしたい。

すごく簡単にできそうだが、結構ハマる。結局、デスクトップ版 Outlook でこの設定をやる方法は未だ不明、誰か知ってたら教えて下さい。

とりあえず以下で解決。

1. web版　Outlook を開く
2. 右上の設定（ギアのアイコン）-Outlookのすべての設定を表示-アカウント　で同期させたいGoogleカレンダーに対応するアカウントを設定
   
   「割り当て可能作業時間に含めます」のスイッチをONにする

Lotus Notes 9 カレンダーを定期的に .icsファイルでエクスポート、外部カレンダーと同期させる

Lotus Notes 9 と Googleカレンダーを同期させたい。そのようなソフトがいくつか公開されているようだが、試してみると自分の環境では動かない。
あとNotesカレンダーから手動で .ics 形式で予定をエクスポートできるが、エクスポートする期間を指定できないという致命的いまいち仕様がある。そこで自力で同期を試みた。

まだ同期はできていないが、ひとまず以下で、定期的にNotesカレンダーから指定期間分の .icsファイルを自動書き出しできたのでメモする。後日、このファイルをgoogleカレンダーで自動取り込みさせる予定。あとその逆の google->notes もいつかそのうち。

※当然ながらサーバー等の設定によって動かない場合もあります。実行は自己責任で。

1. カレンダー を開き、作成-エージェント。実行は「スケジュール」「一日一回以上」とする。
2. 「スケジュール」ボタンを押すと「エージェントのスケジュール」ウィンドウが開く。任意の実行間隔を設定する。
   下の「エージェントの実行場所」では、ローカルでなくメールサーバーを指定する。
3. 「エージェントのスケジュール」タブを閉じ前の画面に戻る。
   左上の「エージェント　▼」の下の鍵マークをクリック、「実行時セキュリティレベルの設定」で「2. 制限された操作を許可する」を選択。
4.  オブジェクトタブで Initialize を選択し、以下を入力。

Sub Initialize
    Dim session As New NotesSession
    Dim maildb As New NotesDatabase("", "")
    Dim cal As NotesCalendar
    Dim dt1 As NotesDateTime
    Dim dt2 As notesdatetime
    Dim db As NotesDatabase
    Dim doc As NotesDocument
    Dim body As NotesRichTextItem
    Dim Pre As Integer
    Dim Post As Integer
    REM Get calendar for current user
    Call maildb.Openmail()
    Set cal = session.getCalendar(maildb) ' Not In ref pane
    Set dt1 = session.createdatetime("Today")
    Set dt2 = session.Createdatetime("Today")
    Set db = session.CurrentDatabase
    REM delta 分だけ本日前後の予定を抽出する　先の予定だけでいいかも
    Pre = 1
    Post = 90
    REM Create document to post results
    Call dt1.AdjustDay(-1*Pre)
    Call dt2.AdjustDay(Post)
    filenum = Freefile()
    Open "パスとファイル名.ics" For Output Access Write As filenum   
    Print #filenum,cal.ReadRange(dt1, dt2)
    REM Read range and put in body of document
    REM Call body.Appendtext(cal.ReadRange(dt1, dt2))
    REM Call doc.Save( True, True )
    Close filenum
End Sub

zotero 同期で SSL 証明書エラー が出る

社内イントラネット環境下で同期させようとするとエラー。おそらくトレンドマイクロの IWSS をつかっていることが原因。

https://www.zotero.org/support/kb/cert_override

の記述を参考に、

C:\Users\<your Windows login username>\AppData\Roaming\Mozilla\Firefox\Profiles\

にある cert8.db を

C:\Users\<User Name>\AppData\Roaming\Zotero\Zotero\Profiles\<randomstring>

※windows7環境

にコピーすることで解決した。 

 

Firefox 添付ファイル保存できない、Dropbox 起動しない等の問題

• Firefox で添付ファイルが保存できない
• Firefox, Chrome いずれでも、gmail の添付ファイルが保存できない
• Dropbox が正常に起動しない

といった一見無関係な問題が偶然解決したのでメモしておく。
行ったのは下のリンク先記載の通りで、環境変数 TMP を "C:\temp" にしただけ。
ユーザー環境変数のTMPは消してシステム環境変数TMPだけ残す。

https://www.blogger.com/u/1/blogger.g?blogID=4998542708565897107#editor/target=post;postID=6423131030762140819;onPublishedMenu=allposts;onClosedMenu=allposts;postNum=2;src=postname

Android SDカード 内部ストレージ化

以下は単なる備忘録。
手順はあっとはっく様の素晴らしいページがあるので参照下さい。

https://sp7pc.com/google/android/android-howto/24933


メモ

1. なければ、PC側で adb コマンド　が使える環境を作成。
2. Android 6.0以上　をUSBデバッグモードでPCに接続。
3. 以下の通り実行。
   adb shell
   sm list-disks
   sm partition disk:***,**（list-disks で表示された内容） private

Android Studio 初回起動失敗 unable to create temporary directory

Android Studio 初回起動時、

unable to create temporary directory

というメッセージが表示され、必要なコンポーネントがダウンロードできない。

エラーメッセージを見ると、環境変数 TMP を使っている様子。
PATH と同様に、 TMP に複数のパスを ";" 区切りで登録しているとエラーがでる模様。

*****;*****;****.... というふうになってた TMPを

ユーザー環境変数の TMP を削除し、システム環境変数のTMPを

c:\temp

と１個だけにしたところ正常に動いた。

Inkscapeの絵をword等にベクター形式で貼る

• 普通に Ctrl-C, Ctrl-V ではそれらしい画像がでてくるが微妙に（線種などが）おかしい。
• wmf または emf で保存、word側で 挿入-図　とすると見た目が大幅にかわる。
• うまくいった方法：
  Inkscapeで　eps形式で保存。※「エクスポートオブジェクトのサイズを使用」を選択
  word 挿入-図　でepsを選択。
  
  昔はeps読めなかった気がするんだけど今（office2010, Inkscape0.91）ではうまくいくようだ。
  
  →　と思ったら単なるラスター画像が貼られていた。引き続き調査中。

住宅ローン借入で考えたこと

2016/2/11現在

自分の脳内整理メモ。他の方の参考となるかは不明。
でもみんな悩むところは同じなのでそこそこ参考になるかも。

• 前提　2500万円　25年借入
• 金利　大昔と比べると低い 2000年前後からだいたい横這い
  今後も当面上昇する合理的理由はなく低空飛行しそう
• とはいっても 10-20年後を予言する超能力は持ちあわせていない。
  まあバブル再来8-9%まで織り込むのは極端として、max 3% くらいまでいつか上昇することはありうるか
• 住宅ローン減税は大きい　自分のケースでは10年間で 160-200万円程度の税軽減。
  シミュレーション（みかローンさんの素晴らしいページに感謝します　http://loan.mikage.to/）では、10年後全額繰り上げ返済するなら、10年間の利子負担は減税分でほぼ相殺され、
  実質無利子で借りられる。金利がすごく低ければプラスにすらなる。
• ローン金利　表面利率でなく実質利率で比較検討する必要あり。
• 固定vs変動　10年固定1%と比較すると、変動（実質0.8%、結局10年一定だった場合）のほうが30万円くらい支払いが少ない。もちろん金利低下すれば差は大きくなる。
  ※自分は全期間固定は考えていないので、あくまで10年間だけの話。
• 言い方を変えれば、固定に対する変動のリスクプレミアムは（たった）30万円。
• ローン付帯の医療保険の類　おまけでついていても困らないが、それのために高い利率を受け入れるのは費用対効果から非合理的。
  金利等が同じ条件の場合のみ、おまけの有無で選択してもよい。
• 医療保険については、ローンに付帯させるコストと、単品の保険加入のコストを比較する必要がある。わかりにくい商品ばかりなので比較検討が大変そう。まああえてわかりにくくしているのでしょう。
   
• 医療保険　これも賛否両論あるようだが、自分はある程度手元資金もあり、基本的に保険にはいるのキライなので、不要。
  従ってローンの選択に際して、付帯する医療保険は重視しない。
• 一定期間固定金利商品では、固定期間終了後の金利が商品によってずいぶん違うので、商品詳細説明書をみておく必要あり。期間終了後も金利引き下げ幅が変わらないことが望ましい。
• 選択肢：
  1. ソニー銀行　変動金利、金利上がりそうなら固定スイッチか繰り上げ返済
  固定スイッチは、長期的に金利上がる見込みの場合。予想難しいかも
  2. 住信SBI 10年固定　10年後は金利上がるので、がんばって10年後に一括返済する
• こういう考え方はだれにでもあてはまるものではなく、そこそこ手元資金があって、いざとなったら一括返済できるオプションがある人向けのような気がする。

jbibtex -kanji=utf8 ができない

奥村先生の Latex2e 美文書作成入門　は素晴らしいバイブルと言える本である。が、ちょっと内容が古くなってきた。今回 windows7 64bit にインストールしたら、jbibtex -kanji=utf8 でそんなオプションがないと怒られる。調べたところ、jbibtex は pbibtex になったとのこと。

Inkscape に epsファイルをインポートすると失敗する

環境 Inkscape0.48 win7 64bit

Inkscape にepsファイル（gnuplotで作成）をドラッグ&リリースすると、プレビューが真っ白でうまく取り込めない。前はできていたはずなのに。

ghostscript の binフォルダへのパスが通っている必要があるようだが、通っている。
epsファイルのあるフォルダでコマンドプロンプトを起動し、 gswin32 ***.eps とやっても
正しく表示される。gsviewでも正しく表示される。

epsファイルを、c:\temp に移動させて再度 Inkscapeにドラッグ＆リリースしたところ、成功。

epsファイルのパスに日本語が入っていることに問題がある模様。その原因が
inkscapeなのかgsなのかは不明。

TEXにpowerpointの絵をEPS変換して貼り付ける

TEXにpowerpointの絵をEPS変換して貼り付けたい。
いろいろやってみた試行錯誤の記録。

1. PostScriptプリンタへの出力ファイルを使う

epsファイルはできるが、portlaitにどうしてもならない。印刷時に紙の向きを指定しても結果は変わらない。
tex側の \includegraphics[angle=270]とかでも回転できるが、図がはみだしてしまい、
width等してしても思い通りにいかない。


2. PDFファイルに変換して、inkscapeで一旦読み込み、EPSとして保存する。

これでうまくいく場合もある。が今回は下記問題でダメ。

2-1inkscapeで読み込んだファイルのフォントが置換されたためか位置が微妙にずれる。
　　 PDFにフォントを埋め込んであるがダメだった。
2-2 インポート時にinkscapeがフリーズする症状が頻発。Powerpoint2010から直接PDFとして
 　　　保存したファイルでこの現象が起こる様子。

3. PDFファイルに変換して、Xpdf の pdftops -epsで変換する。

うまくいきそうだが、図の右端がきれてしまう。図を縮小出力すればよいのだろうが、それらしいオプションがみあたらない。-noshrink というのがあるからデフォルトで紙に合わせてくれるはずではないのか？
しょうがないので -papersize A3 と紙サイズを大きくすることで端がきれていないファイルが作成でいた。紙サイズは大きくても texに取り込むので問題はない。

latex .bbファイルがあるのに no BoundingBox エラーがでる

いろいろ調べてみると、ファイル名に "." などがはいっているとこのエラーが出る模様。しかし自分は使っておらずこれが原因ではない。

http://plaza.rakuten.co.jp/kronos/?targetdate=201112

に同じ話があり、書いてある通り、

\usepackage{graphicx}

を

\usepackage[dvipdfmx]{graphicx}

にしたところエラーがでなくなった。
理屈はよくわからないが、コンパイル時に画像を扱う際、図はDVIドライバが処理する。
そのドライバを上記オプションで指定している。オプションが無指定の場合はデフォルトの
dvips になるが、それだとエラーがでる（その理由がわからない‥）


http://hooktail.org/computer/index.php?%BF%DE%A4%CE%C1%DE%C6%FE#content_1_0

bibtex 日本語があるとエラーが出る

bibtex を走らせると下記エラーが発生


I was expecting a `,' or a `}'---line *** of file ref.bib
 :
 : @ARTICLE{HOGE,
(Error may have been on previous line)


.bibファイルのエラー発生箇所をみると、発生箇所の直前に日本語がある。
 日本語をすべて "" で囲むとエラーがでなくなるようだが面倒。

winshellのbibtex設定を




 から





に変更したところ解決した。

powerpointに貼り付けた複数個の図をきれいに並べるマクロ

使用法

①図を、並べたい順番に選択する。
　現状 4,6,8枚のみ対応

②マクロ実行する

テンプレートによってスライド上部のタイトル部分の大きさが
異なりますが、その場合は yoffset の値を適宜調整ください。

しかしoffice2010でマクロ記録機能もなくなりマクロの書き方も
どこを調べればいいのか非常にわかりにくい。



Sub MultiImageTile()


    SlideHeight = ActivePresentation.PageSetup.SlideHeight
    SlideWidth = ActivePresentation.PageSetup.SlideWidth
    xoffset = 2
    yoffset = 70
    captionheight = 50

   
    imagenum = ActiveWindow.Selection.ShapeRange.Count
   
    If imagenum = 6 Then
        Nrow = 2
        Ncolumn = 3
    ElseIf imagenum = 8 Then
        Nrow = 2
        Ncolumn = 4
    ElseIf imagenum = 4 Then
        Nrow = 2
        Ncolumn = 2
    End If
   
       
    imagewidth = (SlideWidth - xoffset) / Ncolumn - xoffset
    imageheight = (SlideHeight - yoffset) / Nrow - captionheight
   
 
    For y = 1 To Nrow
        For x = 1 To Ncolumn
           
            imagetop = yoffset + (y - 1) * (imageheight + captionheight)
            imageleft = xoffset + (x - 1) * (imagewidth + xoffset)
'           ActiveWindow.Selection.ShapeRange.ScaleWidth 0.48, msoTrue

            With ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x)
'               .Fill.Transparency = 0#
                .LockAspectRatio = msoTrue
                .Top = imagetop
                .Left = imageleft
'               .Width = imagewidth
'               .Height = imageheight
            End With
               
            If imagewidth / ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x).Width < imageheight / ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x).Height Then
                ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x).Width = imagewidth
                captiontop = imagetop + ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x).Height
            Else
                ActiveWindow.Selection.ShapeRange((y - 1) * Ncolumn + x).Height = imageheight
                captiontop = imagetop + imageheight
            End If
           

     '      activewindow.shapes.addtextbox(1,imageleft,imagetop+imageheight,imagewidth,captionheight)
            Set captiontext = ActivePresentation.Slides(ActiveWindow.Selection.SlideRange.SlideIndex).Shapes.AddTextbox(1, imageleft, captiontop, imagewidth, captionheight)
            With captiontext
                .TextFrame.TextRange.Text = "aa"
                .TextFrame.TextRange.ParagraphFormat.Alignment = msoAnchorCenter
                .TextFrame.TextRange.Font.Size = 12
'               .TextFrame.HorizontalAnchor = msoAnchorCenter
            End With
               


               
                   
     '      Captiontext.TextFrame.HorizontalAlignment = 2
               
        Next
    Next
       
End Sub

windows XP mode が遅い

下記ページ方法２で改善した。

http://support.microsoft.com/kb/978209/ja

方法 2 : Windows XP Mode や Virtual PC の Idle thread を有効化する

以下の手順で、ゲスト OS が Idle になった場合に Idle Thread を実行して、連続した作業を継続させてください。

注 : 複数のユーザーでコンピュータを共有する場合は、それぞれのユーザーに対して設定変更をする必要があります。

1. Windows XP Mode または Virtual PC を停止します。
2. 以下のコマンドを実行して、Options.xml ファイルを開きます。
   
   notepad "%LocalAppData%\Microsoft\Windows Virtual PC\Options.xml"
3. <virtual_machines> セクションに以下のキーを追加入力します。
   
   <enable_idle_thread type="boolean">true</enable_idle_thread>
4. Options.xml ファイルを保存し、Virtual PC を再起動します。

airstash 動画再生がすぐ切れる

wifiでSDカードが読める airstash はすぐれもの。自分のように複数のデバイスを持ち歩く人間にとってはさらに利便性が高い。

ところがSDカードに入れた映画を見ようとしてもすぐに切れてしまう。いろいろ調べたところ、単に自業自得であることがわかった。
原因：　高級タスクマネージャの 定期的なkill を有効にしていたため
対策：　高級タスクマネージャの除外リストに airstash+ を追加

win7 proに XP mode 導入、GenuineCheck ではまる

win7 pro に XPモードを導入しようとしてハマったときのメモ。

windows xpモードのダウンロードページにいくと、「正規 Windows の検証」ページに飛ばされる。
そこの「続行」ボタンを押すと「GenuineCheck.exe」がダウンロードされるが、実行しても






のようなエラーがでてうまくいかない。

いろいろ調べたところ、最終的に下記の手順でうまくいった。

1. IE (Firefoxではうまくいかんかった）で診断サイトにいく

http://www.microsoft.com/genuine/diag/?displaylang=ja

今回は、acrive script を有効化するよう求められたのでそのようにした

2. http://www.microsoft.com/genuine/validate/DownloadValidationSupport.aspx?displaylang=ja&sGuid=21f81a9a-0443-484d-8045-0dbae0ff5221

 で validationsupport なるものをインストール。
※上記URLをいれなくてもそこに何処かで飛ぶはず

3. 再度 xpモードのダウンロードページから 「正規 Windows の検証」ページへ。
　「続行」を押すとIEに「Windows Genuine Advantage」アドオンインストールの許可を促す
　ポップアップが出るので許可する。

4. XPモードダウンロードページへ。



しかしこんな面倒な手順踏まないとできないのはなにか間違っているぞ～

Imagemagickで動画編集作成

1. 元の動画を静止画に分解する。この例ではppmに変換したがなんでもよい

ffmpeg -i hoge.mov ./ppm/%06d.ppm


2.  個々の静止画に所望の画像処理を行う
※環境　win7, cygwin上でcsh script 実行

foreach file (`ls ./ppm`)
   convert -resize 7x7 -scale 210x210 $file $file:r.pgm ※この例はモザイク化処理、白黒画像
end

※今回は参照画像との合成が必要だったので、上記処理したファイルを a.pgm などとして、
さらに

  convert a.pgm b.pgm(合成対象画像） -compose multiply -composite $file:r.pgm

とした。

3. 静止画から動画へ
　　
  convert ./ppm/$.pgm hoge.mpg など。
　ただ convert で作成した動画の端に謎の線が入り込む場合があり気に入らなかったことと、
　mpg の圧縮に付随して変な色がつく場合があったので下記に変更した。

　ffmpeg -i ./ppm/$.pgm hoge.m2v

  これで所望の動画が得られた。