カルシウムイメージング解析 CaImAn を windows10にインストール

Anaconda インストール いろいろはまったので誰かの約二たつかもと思いメモ

1. anaconda インストール
   パス変更許可は非推奨となっているが選択する 
   
   
2. mamba インストール
   conda install -n base -c conda-forge mamba
   
   ハマり①mambaインストールが１日たっても終わらない→Anaconda　アンインストールして再インストールしたら普通にインストールできた
   
   
3. caiman インストール
   mamba create -n caiman -c conda-forge caiman
   conda activate caiman
   python caimanmanager.py install
   ハマり②caimanmanager.py がどこにあるかわからない
   → c:\Users\(username)\anaconda3\pkgs\caiman-****\bin にある。ルートディレクトリにコピーしとくとよい
   ハマり③インストールは無事終わったが、次どうするの？jupyter notebook 起動、ルートディレクトリから caiman_data\demos\notebooks　に移り、demo_pipeline.ipynb　を動かしてみる
   
   
4. demo_pipeline.ipynb　を動かしてみる
   ハマり④demo_pipeline.ipynb　動かす→ import cv2 でエラーがでる。opencvは間違い無くインストールされているのだが
   →windowsのメニューから anaconda3-jupyter notebook でjupyter 開くとこのエラーが出る模様。
   anaconda prompt を開いて、
     conda activate caiman
     jupyter notebook --NotebookApp.iopub_data_rate_limit=1.0e10
   と開くとエラーが出ない。
   
   
   ハマり⑤SSL: CERTIFICATE_VERIFY_FAILED　が出て途中で止まる import ssl ssl._create_default_https_context = ssl._create_unverified_context をいれて対症療法的に解決。これは python一般の問題らしい
   
   ハマり⑥試しに動画読ませてみたが重すぎて終わらない→オリジナル動画の必要部分だけ切り出す、ビニングなど。imageJが便利。